Les résidences du village pendant la période ottomane se développent sur des niveaux consécutifs le long des côtés ouest et sud de l'îlot. On estime qu'à la fin du XVIIème siècle, la colonie comptait environ 200 maisons, pour la plupart soigneusement construites, ce qui témoignait de la prospérité financière de leurs propriétaires. Aujourd'hui, quelques dizaines en survivent, la plupart sur ou à proximité de la route principale.

Une résidence typique de Spinalonga se compose d'un bâtiment sur deux étages avec une cour entourée de hauts murs. La cour abrite généralement divers bâtiments auxiliaires, tels que la cuisine et les toilettes. Plusieurs maisons disposent également de leur propre réservoir de récupération d’eau. Les gouttières en mortier et les conduits bâtis démontrent l’existence d’un système complexe pour économiser l’eau qui était tellement précieux pour cet îlot aride.

La maçonnerie des bâtiments utilise la pierre locale, enduite de mortiers de chaux “presses” à l'intérieur et à l'extérieur. Egalement répandue est l'utilisation du tsatmas, un type de maçonnerie formée par une charpente en bois avec des poutres verticales, soutenues par des cadres horizontaux, dont l'espace est rempli de matériaux légers.

Les mortiers extérieurs portent souvent l’empreinte de la pointe de la truelle ou des incisions par les côtés de cet outil, appelées “marques de truelle”. Les nombreuses et grandes fenêtres aux barreaux de fer ou de bois et les cadres élaborés en couleurs vives créént des intérieurs lumineux et des façades gaies pour les bâtiments. Les sols sont pavés de dalles et les cours sont souvent recouvertes de galets uniformes.

Le nombre de maisons aptes pour héberger les malades fut l'une des raisons pour lesquelles Spinalonga a été choisie pour la création de la Léproserie au début du XXème siècle. Afin de répondre aux besoins de leurs nouveaux résidents, les maisons furent généralement divisées par étage et ont reçu des modifications (par exemple, d'escaliers extérieurs ou de cheminées pour cuisiner).