Les cimetières qui servent les résidents musulmans de Spinalonga s’organisent sur le côté est de l’îlot, sur les rives opposées, où se trouve aujourd'hui le village de Plaka, ainsi que sur la péninsule de Spinalonga.

Le cimetière de la partie orientale de l'île, situé à un bas niveau et en contact avec la muraille, est connu grâce à la photographie prise par l'archéologue Italien Giuseppe Gerola qui visita la forteresse en 1901. Sur la photo, on peut voir les stèles tombales qui, selon la tradition musulmane, sont placées par deux sur chaque tombe, une du côté de la tête et l'autre du côté des pieds du défunt. De nombreuses pierres tombales furent ensuite utilisées comme matériel de construction pendant la période de la Léproserie. Certaines se trouvent aujourd’hui dans l’espace d'exposition des boutiques ottomanes.