Sur la plage orientale de la péninsule de Spinalonga, dans la baie de Kolokytha, se trouve une autre basilique qui, d'après la recherche archéologique de surface, est directement liée à une zone résidentielle ainsi qu'à l'exploitation du port qui s'y trouve.

Le temple a connu au moins deux phases de construction. La première date du Ve siècle, tandis que la seconde remonte à l'époque de l'empereur Justinien, au milieu du VIe siècle après J.-C., lorsque le toit en bois d'origine de la basilique est remplacé par des voûtes  et une coupole centrale. Au cours de la deuxième phase, le temple a été orné d'une riche décoration sculpturale en marbre du Proconnèse, fabriqué dans les ateliers de Constantinople.

Les pièces de monnaie attestent de l'utilisation de la basilique jusqu'au VIIe siècle de notre ère.