В османский период застройка поселка домами велась каскадом по всей западной и южной части острова. По оценкам специалистов, в конце XVII в. в поселении насчитывалось около 200 домов, большинство из которых были добротно построены, что свидетельствовало о финансовом благополучии их владельцев. Сегодня сохранилось несколько десятков таких домов, в основном на главной дороге или в ее окрестностях.

Типичный дом Спиналонги представляет собой двухэтажное здание с внутренним двором, окруженным высокими стенами. Во дворе обычно располагаются различные хозяйственные постройки, такие как кухня и уборная. Многие дома имеют собственный резервуар для сбора воды. Водостоки из строительного раствора и встроенные трубы свидетельствуют о наличии сложной системы хранения воды, столь ценной для засушливого острова.

Стены зданий сложены из местного камня и покрыты спрессованным известковым раствором изнутри и снаружи. Также широко распространено использование «цатмас», разновидности кладки, состоящей из деревянного каркаса с вертикальными балками и с горизонтальными и диагональными брусьями в качестве распорок, пространство между которыми заполнялось легкими материалами.

На наружных покрытиях стен часто видны отпечатки краев кельмы (лопатки для нанесения раствора) или царапины, возникшие от нанесения раствора с его помощью. Многочисленные большие окна с железными или деревянными решетками и аккуратные рамы, окрашенные в яркие цвета, создают красочные фасады зданий и светлые интерьеры внутри них. Полы вымощены плитами, а внутренние дворики часто покрыты однородной галькой.

Большое количество жилых помещений, в которых могли разместиться пациенты, стало одной из причин, по которой Спиналонга была выбрана для создания Лепрозория в начале XX в. Дома обычно делились по этажам и видоизменялись в соответствии с потребностями новых жильцов (например, путем пристройки наружных лестниц или обустройства печей для приготовления пищи).