Крепость управлялась специальным проведитором с двухлетним сроком полномочий, который, будучи представителем Венецианской республики, отвечал за выполнение фортификационных работ, бесперебойное снабжение крепости, управление финансами и отправление правосудия. Во главе военного командования стоял комендант крепости, срок полномочий которого составлял пять лет. На Спиналонге были расквартированы и другие младшие офицеры, а в мирное время здесь стояло две роты по 300 человек, усиливаемые в периоды повышенной угрозы. Гарнизон состоял из представителей разных национальностей: итальянцев, французов, немцев, служивших в качестве наемников. На Спиналонге проживал католический приходской священник, цирюльник, врач общей практики, заведующий материальной частью, греческие ремесленники, труд которых использовался для строительства укреплений и которые остались для удовлетворения текущих потребностей, ссыльные и каторжники, а также местные жители, беглецы и беженцы-христиане, нашедшие убежище в крепости в тяжелый период Критской войны (1645–1669 гг.).

Организация крепости соответствовала военной иерархии личного состава, проходившего службу в крепости. В самой привилегированной части островка, в центре западного склона, откуда открывался панорамный вид на гавань, расположились резиденции чиновников (резиденция проведитора, командир артиллеристов, управляющего), а ниже —солдатские казармы и резиденция коменданта крепости. Казармы артиллеристов стояли обособленно на северной стороне острова.

Помимо жилищ офицеров и гарнизона, а также объектов чисто военного назначения (пороховых и оружейных складов, караульных помещений), лагерь включал в себя объекты, обеспечивавшие самодостаточность крепости в случае длительной осады. Это были зернохранилища и склады, госпиталь, пекарни, ветряные мельницы и многочисленные резервуары, за счет которых решалась серьезная проблема нехватки воды. Обращает на себя внимание наличие жилых домов. Крепость перестала носить чисто военный характер в результате поселения христианских беглецов и беженцев на Спиналонге с 1647 г. вплоть до 1715 г. (когда крепость была сдана). В поселке до сдачи османам было семь кварталов, отстроенных вокруг церквей. Фактически за время пребывания беженцев на острове было возведено пять новых церквей. Из них сохранились только церкви Св. Георгия (1661 г.) и Св. Пантелеймона (1709 г.).