Венецианский период
В 1204 г. Крит перешел под власть Венеции. Венецианцы приобрели права на владение островом у Бонифация Моферратского сразу после падения Константинополя в 1204 г. После короткого переходного периода (1204–1211 гг.), в течение которого генуэзцы пытались захватить остров, венецианцы закрепили свою власть на Крите, который они назвали Королевство Кандия (Regno di Candia) и организовали его как колонию по западным феодальным стандартам.
В 1204 г. в бухте Элунда произошло морское сражение между генуэзцами и венецианцами, в котором последние одержали победу. В венецианских источниках район сражения упоминается под разными названиями: stin alonde, stin elonda, stinalonge, Stinalonda, Stinalonde. Это является искажением греческой фразы «εις την Ελούντα» («ис тин Элунда»), что свидетельствует о сохранении древнего названия этого места. Из этих искаженных форм венецианцы составили название «Спиналонга», которое закрепилось как за портом, так и за скалистым островком у входа в него. В ранних венецианских документах есть даже упоминание о соляных копях в бухте Элунда (salinis de Stinalonde), что свидетельствует об их существовании уже в византийский период. После падения Кипра в 1571 г. и потери тамошних соляных шахт, начали активно разрабатываться копи в Элунде.
Постоянно растущая угроза со стороны османов и радикальные изменения, вызванные распространением применения пороха в технике ведения войны повлияли и на фортификационную архитектуру, заставив венецианцев совершенствовать имевшиеся оборонительные сооружения на Крите и строить новую систему бастионов. Так, были проведены масштабные работы в городах Хандакас (ныне Ираклион), Ханья, Ретимнон, а также в портах Суда, Палеокастро (в заливе Фраския), Агии Теодори (в районе города Ханья), на островах Спиналонге и Грамвусе. В результате Крит стал одним из самых надежно укрепленных островов Средиземноморья.
В рамках этих работ в 1571 г. Венецианский Сенат принял решение об укреплении Спиналонги. Строительство крепости на островке было призвано защитить гавань от возможной высадки десанта противника и оградить район от пиратских набегов. Кроме того, свежи были в памяти воспоминания о разграблении прибрежных районов восточного Крита легендарным пиратом Хайреддином Барбароссой в 1537–1538 гг.
С конца XVI в. роль порта Спиналонга возросла, он приобрел военное значение и стал для венецианцев второй по значимости после Суды естественной гаванью Крита.
Рельефная табличка с крылатым львом святого Марка, символом Светлейшей Республики Венеция, на бастионе-полумесяце Барбарига. ©Инспекторат памятников древности Ласити
Фортификационные работы начались в 1579 г. и были поделены на различные этапы строительства. Крепость заняла центральное место в событиях местной истории. Резко сократились пиратские набеги, а некогда пустынное побережье залива Мерабелло стало возделываться и заселяться.
Ожидаемое нападение османов произошло в 1645 г., когда и началась Критская война. За короткий срок османским войскам удалось подчинить себе весь Крит. В 1648 г. началась осада Хандакаса, которая продлилась 21 год. Город был сдан в 1669 г. после подписания договора, по которому венецианцам, несмотря на поражение, удалось сохранить три важные военно-морские базы на укрепленных островах Грамвуса, Суда и Спиналонга, что давало надежду на отвоевание Крита.
Таким образом, крепость Спиналонга осталась единственным венецианским владением на Восточном Крите. В этот период остров стал убежищем для беженцев и повстанцев (хаинидес). В результате расселения этих людей Спиналонга из военной крепости превратилась в поселение с несколькими сотнями жителей.
Последующие десятилетия были отмечены конфликтом между венецианцами и османами. В июне 1715 г. османы начинают осаду Спиналонги силами шеститысячного войска. Небольшой венецианский гарнизон, состоявший всего из 160 человек, и хаинидес защищают крепость. На первом этапе осады остров был заблокирован военно-морскими силами со стороны моря. Большое количество пушечных снарядов, найденных при подводных поисках в районе островка, свидетельствует о жестокости боя. После трехмесячной блокады крепость была сдана османам.
