Церковь Св. Николая расположена на возвышенности в западной части острова. Она имела два сводчатых продольных помещения (нефа), причем южное по длине и высоте было больше северного, которое, по-видимому, является более поздней пристройкой. Это единственное здание на острове, относящееся к раннему венецианскому периоду, задолго до появления венецианских укреплений.

Сегодня сохранилась только восточная часть. В арке южного нефа сохранились следы фресок, датируемых XIV в., с изображением Деисуса, то есть Христа в окружении Девы Марии и Иоанна Крестителя, а также Благовещения Богородицы.

Церковь является первым храмом крепости Спиналонга, и во времена ее строительства использовалась венецианцами для удовлетворения религиозных потребностей гарнизона. Некоторое время она даже использовалась для служб как по католическому, так и по православному обряду; временами же внутри размещался пороховой склад.