Этапы строительства
Комплекс фортификационных сооружений, дошедший до наших дней, является результатом многих этапов строительства. Работы были начаты в июне 1579 г. По предложению венецианского инженера Дженезе Брессани возводится периметральное береговое ограждение, усиленное в ключевых точках бастионами, а на самых высоких точках северной и южной сторон, чтобы исключить возможность высадки противника на территорию острова, строятся укрепления.
План Брессани не был завершен, так как военный губернатор Крита Латино Орсини после посещения островка Спиналонги в 1584 г. посчитал его недостаточно надежным. Он предложил построить еще одну линию обороны на горном хребте, чтобы обезопасить нижний комплекс укреплений и снизить общую стоимость строительства, так как в таком случае отпадала надобность в работах в нижней зоне, предусмотренных планом Брессани. В 1585 г. начались работы по возведению укреплений на горном хребте на развалинах старых оборонительных сооружений. Однако после 1586 г. из-за возникших у Венецианской республики финансовых трудностей работы пришлось свернуть, и постепенно интерес к Спиналонге ослаб.
Остров вновь обретает значимость в начале XVII в., особенно после османского вторжения на Крит в 1645 г. Венецианцы провели ряд масштабных работ и изменений, приложив серьезные усилия для укрепления фортификационных сооружений. В частности, во время Критской войны (1645–1669 гг.) были проведены масштабные работы практически по всему периметру укреплений. Увеличивается высота стен, а в отдельных точках строятся пушечные амбразуры открытого типа. Постройки этого периода менее проработаны по сравнению с предыдущими сооружениями, так как работы велись в сложных условиях военного времени, при ограниченных экономических возможностях, и сопровождались проблемами со снабжением.