Citernes voûtées
Les citernes qui collectent l'eau de pluie étaient et sont toujours d'une importance vitale pour les habitants de Spinalonga, car l'îlot ne dispose pas de sources d'eau. Les citernes les plus importantes sont situées du côté ouest.
À la hauteur de l'église d'Agios Panteleimon et à proximité de la salle de la garnison se trouvent des citernes à deux compartiments, demi-enterrées, voûtées, avec des ouvertures de pompage d'eau. Elles étaient alimentées par des canalisations provenant principalement des toits ou des coupoles des bâtiments voisins mais également des eaux de surface de la rue principale.
La citerne Riva, nommée après Giacomo Da Riva, Provéditeur de la forteresse, a été construite à la fin de la période Vénitienne dans la partie sud-ouest de l'enceinte intérieure, près de la porte Carbonana, afin de résoudre le problème de l'approvisionnement en eau de la forteresse. Elle fut construite en contact avec la muraille ouest, tandis que ses autres côtés près de la route principale restaient libres. Pendant l’époque ottomane, elle fut entourée de magasins à deux étages. La citerne fut alimentée par l'eau de pluie qui tombait des toits des bâtiments voisins, de son toit lui-même et par l'eau qui venait du conduit le long de la muraille transversal sud-ouest.
La citerne au nord de l'église d'Agios Nikolaos a de petites dimensions et sa construction resemble celle des autres citernes de l’île. Elle collectait l'eau de pluie venant du dôme de l'entrepôt de poudre adjacent et peut-être aussi du toit de l'église d'Agios Nikolaos. La résidence du Provéditeur de la forteresse de Spinalonga était approvisionée en eau à partir de cette citerne.