Après un siège de trois mois, au cours duquel toutes les réserves de nourriture sont consommées, et après la chute de la forteresse de Souda, le Provéditeur de Spinalonga, Zuan Francesco Giustiniani, rend la forteresse aux Ottomans le 4 octobre 1715. La garnison vénitienne se retire, mais malgré l’accord, le reste des habitants de l’îlot sont capturés. 120 hommes capables de ramer sont envoyés à la base navale impériale de Constantinople, tandis que 230 hommes incapables de ramer et 243 femmes et enfants sont vendus sur le marché aux esclaves alors florissant.

La forteresse reste inhabitée pendant environ deux ans jusqu’à ce que les réparations des fortifications soient terminées. En 1718, des corps de soldats musulmans locaux (janissaires) s’installèrent sur l’îlot avec leurs familles.

La colonie militarisée est également un centre légal de la traite des esclaves, sert de lieu d’exil et d’emprisonnement des condamnés chrétiens et musulmans de toute la Crète, tandis qu’elle est également utilisée comme centre de détention pour les compagnies de janissaires responsables de soulèvements ou d’émeutes.

Au cours de la même période, le port de Spinalonga se développe progressivement en une importante étape pour le transport maritime dans la zone sud-est de la mer Égée. En 1718, le seul bureau de douane de la province de Mirabello a été établi ici, fonctionnant avec de courtes périodes d’interruption jusqu’en 1866. L’îlot est donc le siège de sociétés commerciales et évolue en une base d’activité commerciale dans la région, attirant l'intérêt des investisseurs locaux puissants provenant de la sphère politique et économique.