На восточном пляже полуострова Спиналонга, в бухте Колокита, находится еще одна базилика, которая, судя по ландшафту, напрямую связана с жилым районом, а также с существовавшим там портом.

Строительство храма шло как минимум в два этапа. Первый этап относится к V в., а второй относится ко временам императора Юстиниана, примерно к середине VI в. н. э., когда первоначальная деревянная крыша базилики была заменена сводами и центральным куполом. На втором этапе храм был украшен богатым скульптурным декором из проконесского мрамора, изготовленного в мастерских Константинополя.

Судя по данным монетных находок, базилика использовалась до VII в. н. э.