L'enceinte côtière de la forteresse de Spinalonga a un périmètre estimé à environ 1 200 m et son état de coservation est assez satisfaisant. Sur son côté sud, elle possède deux grands bastions, Tiepolo et Donato. La courtine qui les relie fut construit pendant la guerre de Crète (1645-1669). À l'est, la fortification s'étend le long du littoral et est formée par les murs et les fortifications du demi-bastion Scaramella et du pic Rangone. Au début, juste un pont en bois existait sur la partie nord-est de l'îlot, qui passait au-dessus de la profonde fente y formée par le rocher. Durant la période de la guerre de Crète, l'enceinte est achevée et le pont en bois est ainsi supprimé.

Sur le côté nord-est de l'île se forme l'imposant du ouvrage de la demi-lune Michiel. La zone fortifiée s'étend vers le nord-ouest avec un pan de mur droit fondé sur les ruines de l'ancienne fortification. Plusieurs fortifications se defenses sur le côté ouest, comme les côtés Perino et Genese, le pic Bembo et l'angle Carbonana.