Османский период
После трехмесячной осады, в ходе которой были израсходованы все запасы продовольствия, и падения крепости Суда, 4 октября 1715 г. проведитор Спиналонги Зуан Франческо Джустиниани (Zuan Francesco Giustiniani) сдал крепость османам. Венецианский гарнизон отступил, но, несмотря на достигнутое соглашение, оставшиеся жители острова были взяты в плен. 120 мужчин, способных к гребле, были отправлены на императорскую военно-морскую базу в Константинополе, а 230 мужчин, не способных грести, и 243 женщины и ребенка были проданы на процветавшем в те времена рынке рабов.
Крепость оставалась необитаемой около двух лет вплоть до завершения работ по ремонту укреплений. В 1718 г. на остров заселились местные воины-мусульмане (янычары) вместе со своими семьями.
Военное поселение стало также законным центром работорговли, местом ссылки и тюрьмой для осужденных христиан и мусульман со всего Крита, а также местом заключения главарей янычар, виновных в беспорядках и волнениях.
В этот же период порт Спиналонга постепенно превращается в важную торговую базу для судов, совершающих плавания по всей юго-восточной части Эгейского моря. В 1718 г. здесь была создана единственная таможня провинции Мерабелло, которая с небольшими перерывами работала до 1866 г. Таким образом, островок стал штаб-квартирой коммерческих компаний и центром деловой активности всего региона, привлекая инвестиционный интерес местных политически и экономически влиятельных участников рынка.
Из порта вывозились такие товары, как соль, кожа, мед, воск, точильный камень, шелк, рожковое дерево и т.д. К концу XVIII в. Спиналонга стала важным пунктом погрузки оливкового масла на французские корабли, доставлявшие его на мыловаренные заводы Марселя. На острове также имелся лазарет.
Революционная деятельность христиан Крита на протяжении всего XIX в. кардинально изменила ситуацию на острове. Нередки были вооруженные конфликты между местными христианскими революционерами и османскими военно-морскими силами, дислоцированными на Спиналонге.