После трехмесячной осады, в ходе которой были израсходованы все запасы продовольствия, и падения крепости Суда, 4 октября 1715 г. проведитор Спиналонги Зуан Франческо Джустиниани (Zuan Francesco Giustiniani) сдал крепость османам. Венецианский гарнизон отступил, но, несмотря на достигнутое соглашение, оставшиеся жители острова были взяты в плен. 120 мужчин, способных к гребле, были отправлены на императорскую военно-морскую базу в Константинополе, а 230 мужчин, не способных грести, и 243 женщины и ребенка были проданы на процветавшем в те времена рынке рабов.

Крепость оставалась необитаемой около двух лет вплоть до завершения работ по ремонту укреплений. В 1718 г. на остров заселились местные воины-мусульмане (янычары) вместе со своими семьями.

Военное поселение стало также законным центром работорговли, местом ссылки и тюрьмой для осужденных христиан и мусульман со всего Крита, а также местом заключения главарей янычар, виновных в беспорядках и волнениях.

В этот же период порт Спиналонга постепенно превращается в важную торговую базу для судов, совершающих плавания по всей юго-восточной части Эгейского моря. В 1718 г. здесь была создана единственная таможня провинции Мерабелло, которая с небольшими перерывами работала до 1866 г. Таким образом, островок стал штаб-квартирой коммерческих компаний и центром деловой активности всего региона, привлекая инвестиционный интерес местных политически и экономически влиятельных участников рынка.