Στην ανατολική παραλία της χερσονήσου της Σπιναλόγκας, στον όρμο της Κολοκύθας, βρίσκεται ακόμα μία βασιλική, η οποία, σύμφωνα με τις επιφανειακές ενδείξεις, βρίσκεται σε άμεση συνάρτηση με κατοικημένο χώρο, καθώς και με τη λειτουργία του εκεί λιμανιού.

Ο ναός έχει τουλάχιστον δύο οικοδομικές φάσεις. Η αρχική τοποθετείται στον 5ο αιώνα, ενώ η δεύτερη την εποχή του αυτοκράτορα Ιουστινιανού, στα μέσα περίπου του 6ου αι. μ.Χ., όταν η αρχική ξύλινη στέγη της βασιλικής αντικαταστάθηκε από θόλους και κεντρικό τρούλο. Στη δεύτερη φάση ο ναός διακοσμήθηκε με πλούσιο γλυπτό διάκοσμο από μάρμαρο της Προκονήσου, ο οποίος κατασκευάστηκε στα εργαστήρια της Κωνσταντινούπολης.

Με βάση τη μαρτυρία των νομισμάτων, η χρήση της βασιλικής τεκμηριώνεται έως τον 7ο αι. μ.Χ.