Τα τελευταία χρόνια λειτουργίας του Λεπροκομείου (1944-1957)
13 Απριλίου, 20231976: Η προστασία του μνημείου
Το 1976 η Σπιναλόγκα κηρύσσεται από το Υπουργείο Πολιτισμού αρχαιολογικός χώρος, γεγονός που διαφύλαξε και προστάτεψε σε σημαντικό βαθμό τον ιδιαίτερο χαρακτήρα της νησίδας.
Η σημερινή κατάσταση
Από το 1997 εκτελούνται συστηματικά εργασίες αποκατάστασης στις οχυρώσεις και στα κτήρια του νησιού. Τις τελευταίες δεκαετίες η Σπιναλόγκα συγκαταλέγεται στους πιο δημοφιλείς τουριστικούς προορισμούς. Αποτελεί το δεύτερο σε επισκεψιμότητα μνημείο στην Κρήτη μετά το μινωικό ανάκτορο της Κνωσού, και το έκτο πανελλαδικά.