Οι κατοικίες του οικισμού κατά την οθωμανική περίοδο αναπτύσσονται κλιμακωτά σε όλη τη δυτική και τη νότια πλευρά της νησίδας. Υπολογίζεται ότι κατά το τέλος του 17ου αιώνα ο οικισμός απαρτίζεται από 200 περίπου κατοικίες, οι περισσότερες κατασκευασμένες με επιμέλεια, τεκμήρια της οικονομικής ευμάρειας των ιδιοκτητών τους. Σήμερα σώζονται μερικές δεκάδες από τις κατοικίες αυτές, κυρίως πάνω ή κοντά στον κεντρικό δρόμο.

Μία τυπική κατοικία της Σπιναλόγκας απαρτίζεται από ένα διώροφο κτήριο με αυλή περιτριγυρισμένη από ψηλούς μαντρότοιχους. Στην αυλή υπάρχουν συνήθως διάφορα βοηθητικά κτίσματα, όπως το μαγειρείο και το αποχωρητήριο. Πολλά σπίτια διαθέτουν και δική τους δεξαμενή περισυλλογής νερού. Οι διαμορφωμένες με κονίαμα υδρορροές και οι κτιστοί αγωγοί δείχνουν ότι υπάρχει ένα σύνθετο σύστημα αποταμίευσης του νερού, τόσο πολύτιμου για την άνυδρη νησίδα.

Οι τοιχοποιίες των κτηρίων κτίζονται από ντόπια πέτρα και επιχρίονται με «πατητά» ασβεστοκονιάματα εσωτερικά και εξωτερικά. Διαδεδομένη είναι επίσης και η χρήση των τσατμάδων, ένα είδος τοιχοποιίας, η οποία αποτελείται από ξύλινο σκελετό με κατακόρυφους δοκούς και με καδρόνια οριζόντια και διαγώνια ως αντιστηρίγματα, ο μεταξύ χώρος των οποίων είναι γεμισμένος με ελαφριά υλικά.

Τα εξωτερικά κονιάματα φέρνουν συχνά αποτυπώματα της αιχμής του μυστριού ή χαρακιές από τις πλευρές του, τα λεγόμενα «μυστρίσματα». Τα πολλά και μεγάλα παράθυρα με σιδεριές ή ξύλινα κάγκελα και τα επιμελημένα κουφώματα βαμμένα με ζωηρά χρώματα διαμορφώνουν φωτεινούς εσωτερικούς χώρους και χαρούμενες όψεις στα κτήρια. Τα δάπεδα είναι στρωμένα με πλάκες και οι αυλές καλύπτονται συχνά από ομοιόμορφα βότσαλα. 

Το πλήθος των οικιών, που ήταν ικανές να φιλοξενήσουν τους αρρώστους, είναι ένας από τους λόγους που επιλέγεται η Σπιναλόγκα για την εγκατάσταση του Λεπροκομείου στις αρχές του 20υ αιώνα. Τα σπίτια χωρίζονται συνήθως κατά όροφο και δέχονται τροποποιήσεις (για παράδειγμα, προστίθενται εξωτερικές σκάλες ή τζάκια για το μαγείρεμα), ώστε να ανταποκρίνονται στις ανάγκες των νέων ενοίκων.