Η καθημερινή ζωή στο ενετικό οχυρό
Το φρούριο διοικεί ειδικός Προβλεπτής με διετή θητεία ο οποίος, ως εκπρόσωπος της Γαληνοτάτης Δημοκρατίας της Βενετίας, έχει την ευθύνη για την εκτέλεση των οχυρωματικών έργων, τον ομαλό ανεφοδιασμό του φρουρίου, τη διαχείριση των οικονομικών και την απονομή δικαιοσύνης. Στην κορυφή της στρατιωτικής διοίκησης βρίσκεται ο Φρούραρχος με πενταετή θητεία. Στη Σπιναλόγκα υπηρετούν κι άλλοι κατώτεροι στρατιωτικοί αξιωματούχοι, ενώ, σε συνθήκες ειρήνης, βρίσκονται δύο λόχοι με 300 άνδρες, που ενισχύονται σε περιόδους αυξημένου κινδύνου. Η φρουρά περιλαμβάνει ένα μωσαϊκό εθνοτήτων, Ιταλούς, Γάλλους, Γερμανούς, που υπηρετούν ως μισθοφόροι. Στη Σπιναλόγκα κατοικούν ακόμα ένας καθολικός εφημέριος, ένας κουρέας, ένας πρακτικός γιατρός, ένας διαχειριστής υλικού, Έλληνες τεχνίτες που είχαν χρησιμοποιηθεί την περίοδο των οχυρώσεων και παραμένουν για να καλύψουν τις τρέχουσες ανάγκες, εξόριστοι και κατάδικοι καθώς και ντόπιοι κάτοικοι, χριστιανοί φυγάδες και πρόσφυγες, που βρίσκουν καταφύγιο στο φρούριο κατά τη δύσκολη περίοδο του Κρητικού Πολέμου (1645-1669).
Η οργάνωση του φρουρίου ακολουθεί τη στρατιωτική ιεραρχία του προσωπικού που υπηρετεί στο φρούριο. Στην πιο προνομιακή θέση της νησίδας, στο μέσον της δυτικής πλαγιάς, με πανοραμική θέα προς το λιμάνι, βρίσκονται οι κατοικίες των αξιωματούχων (κατοικία προβλεπτή, αρχιπυροβολητή, διαχειριστή), ενώ αντίθετα σε χαμηλότερο επίπεδο βρίσκονται τα καταλύματα των στρατιωτών αλλά και η κατοικία του φρουράρχου. Ξεχωριστά είναι τα καταλύματα των πυροβολητών στη βόρεια πλευρά της νησίδας.
Εκτός από τις οικίες των αξιωματούχων και της φρουράς, και τις εγκαταστάσεις με καθαρά στρατιωτικό χαρακτήρα (πυριτιδαποθήκες και αποθήκες οπλισμού, αίθουσα φρουράς) στο στρατόπεδο περιλαμβάνονται χώροι που καθιστούν αυτάρκες το φρούριο σε περίπτωση μακροχρόνιας πολιορκίας. Σε αυτούς περιλαμβάνονται αποθήκες σιτηρών και προμηθειών, νοσοκομείο, φούρνοι, ανεμόμυλοι και πλήθος δεξαμενών για να αντιμετωπιστεί το πολύ σοβαρό πρόβλημα της επάρκειας σε νερό. Αξιοσημείωτη είναι και η παρουσία κατοικιών. Η εγκατάσταση χριστιανών φυγάδων και προσφύγων στη Σπιναλόγκα από το 1647 έως και το 1715 (παράδοση του φρουρίου) αλλοιώνει τον αμιγώς στρατιωτικό χαρακτήρα της. Ο οικισμός πριν την παράδοση διαθέτει επτά γειτονιές, κάθε μία από τις οποίες έχει ως σημείο αναφοράς μία εκκλησία. Μάλιστα κατά την περίοδο διαμονής των προσφύγων στη νησίδα ανοικοδομούνται πέντε νέοι ναοί. Από αυτούς σώζονται μόνο οι ναοί του Αγίου Γεωργίου (1661) και του Αγίου Παντελεήμονα(1709).
Οι άνδρες της φρουράς έχουν στο καθημερινό τους πρόγραμμα υποχρεώσεις όπως περιπολίες, βάρδιες στις σκοπιές, έπαρση και υποστολή της σημαίας του Αγίου Μάρκου, αγγαρείες, όπως το στέγνωμα της υγρής πυρίτιδας αλλά και κάποιες έκτακτες εργασίες, όπως συμμετοχή στην κατασκευή των οχυρώσεων. Ο φρούραρχος εκγυμνάζει και επιθεωρεί τη φρουρά στην «Πλατεία των Όπλων». Μετά το πέρας των υποχρεώσεων δεν έχουν τη δυνατότητα να φύγουν από το φρούριο και να εργαστούν, όπως συμβαίνει στα φρούρια των πόλεων. Έτσι, είναι αναγκασμένοι να περνούν τον ελεύθερο τους χρόνο πάνω στη νησίδα. Την ρουτίνα του καθημερινού προγράμματος διακόπτουν οι μεγάλες θρησκευτικές γιορτές και η κυριακάτικη λειτουργία αλλά και οι αφίξεις των νέων προβλεπτών και λοιπών αξιωματούχων που γιορτάζονται με κανονιοβολισμούς, παρελάσεις και επιθεώρηση της φρουράς.
Το φρούριο της Σπιναλόγκας έχει άσχημη φήμη εξαιτίας των απάνθρωπων συνθηκών ζωής αλλά και των δυσκολιών στον ανεφοδιασμό του. Τα περισσότερα προβλήματα δημιουργούνται λόγω της απομόνωσής του. Ακόμα και σε περίοδο ειρήνης οι στρατιώτες στερούνται τα αναγκαία αγαθά. Συχνά, ιδιαίτερα σε περιόδους αποκλεισμών, οι στρατιώτες υποφέρουν από την πείνα και το μόνο που καταναλώνουν είναι παξιμάδι. Ακόμα, πολλές φορές οι μισθοί καταβάλλονται με μεγάλη καθυστέρηση, ενώ οι αξιωματούχοι δυσκολεύονται να λάβουν άδεια επαναπατρισμού. Προβλήματα υπάρχουν και στη στέγαση της φρουράς. Οι στρατώνες είναι σε κακή κατάσταση και δεν επαρκούν για το σύνολο των στρατιωτών.