Στη Σπιναλόγκα της οθωμανικής περιόδου κατοικούν στρατιώτες που είναι έμμισθοι, κρατικοί υπάλληλοι και κατέχουν τις θέσεις τους εφ’ όρου ζωής. Η ζωή τους διαφοροποιείται από τους στρατιώτες της ενετικής περιόδου, καθώς οι μουσουλμάνοι ζουν στο φρούριο με τις οικογένειες τους, γεγονός που βοηθά να ξεπεραστεί η μοναξιά και η απομόνωση. Εξάλλου, η ένταξη των Σπιναλογκιτών στα γενιτσαρικά σώματα δεν του αποκλείει από άλλες επαγγελματικές ασχολίες.

Συνολικά ο πληθυσμός του οικισμού στις αρχές του 19ου αιώνα υπολογίζεται στα 800 με 1400 άτομα, ενώ στο τέλος της δεκαετίας 1870-1880 ο πληθυσμός της νησίδας ανέρχεται σε 1112 κατοίκους (227 οικογένειες). Μάλιστα το 1886 η Σπιναλόγκα αναγνωρίζεται ως δήμος.

Η κοινωνία της νησίδας παρουσιάζει αστικά χαρακτηριστικά. Οι κάτοικοι είναι κυρίως εμποροπλοίαρχοι, έμποροι γενικού και λιανικού εμπορίου, ναυτικοί και πλοιοκτήτες με ατομικές και με συνεταιριστικές επιχειρήσεις. Διακινούν την τοπική παραγωγή, εφοδιάζουν την περιοχή με κάθε είδος προϊόντα και καλύπτουν τις ανάγκες μεταφοράς χριστιανών και μουσουλμάνων. Οι γεωργοί και οι κτηματίες μόλις ξεπερνούν το 10%. 

Ο αστικός χαρακτήρας του πληθυσμού αποδεικνύεται και από το υψηλό ποσοστό εγγραμματοσύνης, ειδικά ανάμεσα στις γυναίκες, ποσοστό που είναι υψηλότερο και από τα τρία μεγάλα αστικά κέντρα της Κρήτης (Χανίων, Ρεθύμνου και Ηρακλείου). Στη Σπιναλόγκα μάλιστα λειτουργεί προκαταρκτικό σχολείο, ήδη από τον 18ο αιώνα, ενώ το 1881 έδρευε στη νησίδα και διετές ημισχολαρχείο.

Αντίθετα με τις περιγραφές των ευρωπαίων περιηγητών, που χαρακτηρίζουν τον πληθυσμό της νησίδας εσωστρεφή και απομονωμένο από τους χριστιανούς κατοίκους της περιοχής, φαίνεται ότι οι κάτοικοι της Σπιναλόγκας έχουν δημιουργήσει έναν μεγάλο οικισμό, με εμπορικές επαφές που εκτείνεται από το Χάνδακα μέχρι τις Κυκλάδες, τα Δωδεκάνησα και στο πρώτο μισό του 18ου αιώνα μέχρι τη δυτική Ευρώπη.