Die Außenmörtel tragen oft Abdrücke der Spitze des Spachtels oder Kratzer von den Seiten, die sogenannten „Spachteln“. Die vielen großen Fenster mit Eisen- oder Holzgeländern und die aufwendigen, in lebendigen Farben gestrichenen Rahmen bilden helle Innenräume und fröhliche Fassaden in den Gebäuden. Die Fußböden sind mit Platten gepflastert, und die Innenhöfe sind oft mit gleichmäßigen Kieselsteinen bedeckt.

Die Vielzahl von Häusern, in denen Kranke untergebracht werden konnten, ist einer der Gründe, warum Spinalonga Anfang des 20. Jahrhunderts für die Errichtung der Leprakolonie ausgewählt wurde. Häuser werden in der Regel nach Stockwerken unterteilt und modifiziert (z.B. werden Außentreppen oder Kamine zum Kochen hinzugefügt), um den Bedürfnissen neuer Bewohner gerecht zu werden.Die Häuser der Siedlung während der osmanischen Zeit entwickelten sich allmählich auf der West- und Südseite der Kleininsel. Es wird geschätzt, dass die Siedlung Ende des 17. Jahrhunderts aus etwa 200 Häusern bestand, von denen die meisten mit Sorgfalt gebaut wurden, ein Beweis für den wirtschaftlichen Wohlstand ihrer Besitzer. Heute überleben ein paar Dutzend dieser Häuser, hauptsächlich an oder in der Nähe der Hauptstraße.

Ein typisches Haus von Spinalonga besteht aus einem zweistöckigen Gebäude mit einem Innenhof, der von hohen Steinmauern umgeben ist. Im Innenhof befinden sich in der Regel verschiedene Nebengebäude, wie die Küche und die Toilette. Viele Häuser haben auch einen eigenen Wassersammeltank. Die mörtelförmigen Dachrinnen und die gebauten Rohre zeigen, dass es ein komplexes System zum Einsammeln von Wasser gibt, das für die trockene Kleininsel so wertvoll ist.

Das Mauerwerk der Gebäude ist aus lokalem Stein gebaut und innen und außen mit „gepresstem“ Mauermörtel beschichtet. Weit verbreitet ist auch die Verwendung von Tsatmades, einer Art Mauerwerk, das aus einem Holzrahmen mit vertikalen Balken und mit horizontalen und diagonalen Rahmen als Stützen besteht, deren Zwischenraum mit leichten Materialien ausgefüllt ist.