Nach einer dreimonatigen Belagerung, in der alle die Vorräte aufgebraucht sind, und nach dem Fall der Festung Souda übergibt der Propst  Zuan Francesco Giustiniani am 4. Oktober 1715 die Festung  Spinalonga an die Osmanen. Die venezianische Besatzung zieht sich zurück, doch trotz des Abkommens werden die verbliebenen Bewohner der Insel gefangen genommen. 120 ruder fähige Männer werden zur kaiserlichen Marinestation in Konstantinopel geschickt, während 230 ruder unfähige Männer und 243 Frauen und Kinder werden auf dem damals florierenden Sklavenmarkt verkauft.

Die Festung blieb etwa zwei Jahre lang unbewohnt, bis die Reparaturen an den Festungsanlagen abgeschlossen waren.  Im Jahr 1718 ließen sich einheimische muslimische Soldaten (Yenitsars) mit ihren Familien auf der Insel nieder.

Die Militärsiedlung ist auch ein legales Zentrum des Sklavenhandels, dient als Ort der Verbannung und Inhaftierung von Christen und muslimischen Sträflingen aus ganz Kreta, während sie auch als Haftanstalt für Kompanien von Genitaren genutzt wird, die für Unruhen oder Aufstände verantwortlich waren.

Im selben Zeitraum entwickelte sich der Hafen von Spinalonga nach und nach zu einer wichtigen Handelsstation für Schiffe, die das Gebiet der südöstlichen Ägäis befuhren. Im Jahr 1718 wurde hier die einzige Zollstelle der Provinz Merabello eingerichtet, die mit kurzen Unterbrechungen bis 1866 in Betrieb war. Das Eiland war daher Sitz von Handelsgesellschaften und wurde zum Stützpunkt der Wirtschaftstätigkeit in der weiteren Region, was das Investitionsinteresse der politisch und wirtschaftlich mächtigen Kräften vor Ort weckte.