Die Friedhöfe, die den muslimischen Einwohnern von Spinalonga dienen, sind auf der östlichen Seite der Kleininsel, an den gegenüberliegenden Küsten, wo sich heute die Siedlung Plaka befindet, sowie auf der Halbinsel Spinalonga ausgestaltet.

Der Friedhof im östlichen Teil der Kleininsel, der sich tief und in Kontakt mit der Mauer befindet, ist dank des Fotos des italienischen Archäologen Giuseppe Gerola bekannt, der die Festung 1901 besuchte. Das Foto zeigt die Grabsteine, die nach muslimischer Tradition zweifach in jedes Grab gelegt werden, einer an der Spitze des Kopfes und der andere an der Spitze der Füße des Verstorbenen. Viele der Grabsteine wurden dann während der Zeit der Leprakolonie als Baumaterial verwendet. Einige davon sind für den Besucher im Ausstellungsbereich der osmanischen Geschäfte zu sehen.