Venezianische zeit
1204 kam Kreta unter die Herrschaft von Venedig. Die Venezianer kaufen die Besitzrechte der Insel von Bonifatius von Mofferratus, unmittelbar nach dem Fall von Konstantinopel 1204. Nach einer kurzen Übergangszeit (1204-1211), in der die Genuesen versuchten, die Insel an sich zu reißen, errichteten die Venezianer ihre Herrschaft auf der Insel, die sie Regno di Candia (Königreich von Kreta) nannten und organisierten sie als Kolonie gemäß den westlichen Feudalregeln.
Im Jahr 1204 fand in der Bucht von Elounda eine Seeschlacht zwischen den Genuesen und den Venezianern statt, aus der letztere siegreich hervorgingen. In venezianischen Quellen wird das Gebiet der Schlacht mit verschiedenen Namen bezeichnet: stin alonde, stin elonda, stinalonge, Stinalonda, Stinalonde. Dies ist eine Verballhornung des griechischen Ausdrucks "εις to Elounda", was darauf hinweist, dass der antike Name des Ortes noch erhalten war. Aus diesen verfälschten Formen prägten die Venezianer den Namen Spinalonga sowohl für den Hafen als auch für das felsige Eiland an seinem Eingang. In frühen venezianischen Dokumenten wird sogar auf die Salinen in der Bucht von Elounda (salinis de Stinalonde) verwiesen, was ihre Existenz bereits in byzantinischer Zeit bezeugt.Diese Salinen wurden jedoch nach dem Fall Zyperns im Jahr 1571 und dem Verlust der dortigen Salinen aufgewertet.
Die immer größer werdende Bedrohung der Osmanen und die radikalen Veränderungen in der Kriegstechnik , welche die Verbreitung des Schießpulvers mit sich brachte, führten dazu, dass die Venezianer ihre bestehenden Verteidigungsanlagen auf Kreta verbesserten und neue Befestigungen nach dem Bastionssystem errichteten. So wurden groß angelegte Arbeiten in den Städten Chandax (dem heutigen Heraklion), Chania, Rethymnon, sowie in den Häfen von Souda, Paleokastro Fraski, Agioi Theodoroi Chania, Spinalonga und Gramvousa. Mit diesen Projekten wird Kreta zu einer der am besten verteidigten Orte des Mittelmeeres.
Im Rahmen dieser Arbeiten beschloss der venezianische Senat im Jahr 1571, Spinalonga zu befestigen. Der Bau der Festung auf dem Eiland sollte den Hafen vor einer möglichen Invasion feindlicher Kräfte schützen und das Gebiet vor Piratenüberfällen bewahren. Die Erinnerungen an die Raubzüge des legendären Piraten Hayreddin Barbarossa in den Küstenregionen Ostkretas in den Jahren 1537-1538 sind noch frisch.
Ab Ende des 16. Jahrhunderts wurde die Rolle des Hafens von Spinalonga aufgewertet, da er eine militärische Funktion erhielt und für die Venezianer nach Souda der zweitwichtigste Naturhafen Kretas wurde.
Die reliefartige Platte mit dem geflügelten Löwen des Heiligen Markus, dem Symbol der glorreichen Republik Venedig, auf der Halbinsel Barbariga. ©Ephorie der Altertümer von Lasithi
Die Befestigungsarbeiten begannen im Jahr 1579 und durchliefen verschiedene Bauphasen. Die Festung dominiert die Entwicklung der lokalen Geschichte. Die Piratenüberfälle gingen drastisch zurück, und der einst verlassene Küstenstreifen des Golfs von Merabello wurde kultiviert und besiedelt.
Der erwartete osmanische Angriff fand 1645 statt und damit begann der kretische Krieg. Den osmanischen Truppen gelang es in kurzer Zeit, ganz Kreta zu beherrschen. Im Jahr 1648 begann die Belagerung von Chandax, die 21 Jahre dauerte. Die Stadt kapitulierte 1669 mit der Unterzeichnung eines Vertrages, in dem es den Venezianern trotz ihrer Niederlage gelang, die Stadt in Besitz zu nehmen und drei wichtige Flottenstützpunkte auf den befestigten Inseln Gramvousa, Souda und Souda. Spinalonga zu behalten, in der Hoffnung, Kreta zurückzuerobern.
Die Festung von Spinalonga bleibt somit der einzige venezianische Besitz in Ostkreta. In dieser Zeit wurde die Insel zu einem Zufluchtsort für Flüchtlinge und Rebellen (Hainiden). Die Ansiedlung dieser Menschen verwandelte Spinalonga von einer militärischen Festung in eine Siedlung mit mehreren hundert Einwohnern.
Die folgenden Jahrzehnte sind durch den Konflikt zwischen den Venezianern und den Osmanen geprägt. Im Juni 1715 beginnen die Osmanen mit der Belagerung von Spinalonga mit einer Streitmacht von 6.000 Mann. Die kleine venezianische Besatzung von nur 160 Mann und die der Hainen verteidigen die Festung. In der ersten Phase der Belagerung wird das Eiland durch Seestreitkräfte blockiert. Die große Anzahl von Geschossen aus den Kanonen, die bei der Unterwassersuche um die Insel gefunden wurden, weisen auf die Brutalität des Kampfes hin. Nach einer dreimonatigen Blockade wird die Festung an die Osmanen aufgegeben.
